经过几年的试点，农村税费改革取得明显成效，有力地促进了农民收入恢复性增长，带动了农村各项改革，推动了农村经济的持续发展和农村社会的全面进步。但是在一些试点地区，仍然不同程度地存在着基础工作不扎实，政策宣传不深入，执行政策不到位，配套改革力度不平衡等问题，乱收费、乱集资、乱涨价歪风又有所抬头，农民负担出现反弹，有的还相当突出。对此，国家发改委于2003年4月9日发出《关于贯彻落实全国农村税费改革试点工作电视电话会议精神，切实做好涉农价格和收费管理工作的通知》，要求省级计委、物价局认真贯彻落实会议精神，加强涉农价格和收费管理，规范农村价格和收费秩序，坚决制止乱收费、乱涨价行为，减轻农民负担，保护农民利益。《通知》提出以下具体工作任务：
实行涉农价格和收费公示制度是党中央、国务院为保护农民利益、减轻农民负担而采取的一项重要措施。目前尚未建立公示制度的地方，应狠抓进度，确保收费单位、乡镇政府和各行政村普遍建立公示制度，有条件的地方应将公示制度普及到自然村和群众经常活动的场所。公示制度已基本建立的地方，应把工作重点转移到完善配套措施、强化监督管理和充分发挥公示制度的作用上来，使公示制度长期坚持而不流于形式。
2003年，政府兴办的各级各类学校的杂费、学费、住宿费等收费标准不得提高，也不准设立新的收费项目；学校按规定的收费项目和标准进行收费，不得再向学生收取其他任何费用。有条件的地方，应对农村地区义务教育阶段的学生实行免收杂费的政策。国家扶贫开发工作重点县的农村小学和初中，应按规定全面实行“一费制”收费办法，不得以任何借口推迟或不实行。各级各类学校应全面实行教育收费公示制度，在2003年秋季入学前通过各种形式将收费项目、书费标准和投诉电话等向社会公示，增强学校收费的透明度，接受学生、家长和社会的监督。学校不得向学生收取任何性质的押金。捐资助学必须坚持自愿原则，严禁与招JN江南·体育下载生、入学和考试成绩挂钩。各级教育行政部门或其他有关部门，不得以任何形式强迫学校或学生订购教辅材料。
根据国务院办公厅有关通知（国发办[2002]10号）规定，“十五”期间，中央和省两级价格主管部门继续停止审批新的专门面向农民的行政事业性收费，原先批准的收费项目一律不得提高收费标准。当前，要集中力量对农民反映强烈、问题突出的乱收费进行专项整治。
1.坚决纠正农村用电乱加价和借农村电网改造之机搭车收费。农村用电应抄表到户，按用电量收取电费。已实现城乡用电同价的地区，应严格执行省级价格主管部门批准的农村到户电价水平。
2.坚决清理并取消农业用水、农机服务等生产性费用中的不合理收费和搭车收费。严禁将已经明确取消的行政事业性收费，转为经营服务性收费继续收取；严禁政府机关分解职能，变无偿服务为有偿服务。加强农业用水价格管理，实行“受益缴费，计量收费”，不得按人头、田亩摊派水费。取消不合理的加价和收费，尤其要制止乘改革水价之机，巧立名目乱收费。
3.抓好对农民建房收费政策的清理整顿工作。除依法颁发的证照可按规定收取工本费外，其他所有涉及农民建房的行政事业性收费一律不得收取。
4.加强农村婚姻登记和计划生育收费管理。有关部门办理婚姻登记和计划生育手续时，严禁搭售物品、强行服务收费和收取押金、保证金；严禁提高或变相提高收费标准；严禁自立项目收取各种费用。
严禁在办理农民外出务工等审批事项或手续时，搭车收费，强制服务收费。有关部门和单位向外出或外来务工人员，除按规定收取证书工本费外，其他歧视性行政事业性收费项目一律取消；为外出或外来务工人员提供有偿服务，必须坚持务工人员自愿的原则。各级价格主管部门对违规收费行为，应依法及时作出处理。
将建立农村监督网络，作为完善涉农价格和收费公示制度，发挥12358价格举报电话作用，巩固减轻农民负担工作成果，加强农村价格监督管理的长效机制和重要措施。积极推广先进典型经验，以点带面，全面推进，力争抓出成效。
突出重点，有针对性地开展涉农价格和收费专项检查，加大对价格违法行为的处罚力度。对农民群众举报的乱收费、乱涨价问题，及时查处，做到件件有着落，事事有回音，切实维护广大农民群众的合法权益。对典型案件应公开曝光，并追究有关责任人员的行政责任。
2003年6月23日，财政部、国家发改委、建设部在《关于专项治理涉及建筑企业收费的通知》中指出，经国务院批准，决定公布取消各地制定的一批涉及建筑企业的不合法、不合理收费项目，包括城市增容费、外省施工企业调节金、计生管理费、联防集资款、文化赞助费等，共计30项。
2003年12月30日，国家发改委、财政部在《关于降低部分涉及农民负担收费标准的通知》中指出：为进一步规范涉农收费管理，切实减轻农民负担，决定自2004年1月1日起，适当降低下列收费标准：
1.畜禽及畜禽产品检疫费标准。一个批次出栏猪、牛、羊50头、禽1000只以上的，动物检疫费收费标准降低30%；日屠宰猪、羊500头、牛100头、禽10000只以上的屠宰厂，动物产品检疫费收费标准降低30%。
2.农机监理费标准。将现行拖拉机号牌费收费标准，不反光号牌由每副最高不超过30元降为25元，反光号牌由最高不超过50元降为40元，同时取消“补发拖拉机牌证费按上述收费标准加一倍计收”的规定。
3.渔业船舶检验费标准。将总长为12米以下、渔民自用从事捕捞渔船的收费标准降低10%。
2003年12月31日，中央、国务院发出《关于促进农民增加收入若干政策的意见》。影响农民收入增长的因素是多方面的。从价格方面看，在农民增收减负的有关环节上，一些涉农价格和收费问题比较突出与紧迫，主要表现在：尿素等化肥价格持续上涨，农业用水、用电和农机服务等农业生产性费用存在乱收费、搭车收费，增加了农民的生产经营成本；农民外出务工、农村中小学教育等方面，乱收费仍屡禁不止，加重了农民负担。
上述《意见》提出的增加农民收入、减轻农民负担的多项措施中，包含了加强涉农价格与收费管理的相关内容，例如：加强农业生产资料市场管理，有关部门要保证货源充足、价格基础稳定，严厉打击制售假冒伪劣农资等坑农行为；进一步清理和规范涉农行政事业性收费；进一步清理和取消针对农民进城就业的歧视性规定和不合理收费，简化农民跨地区就业和进城务工的各种手续，防止变换手法向进城就业农民及用工单位乱收费；城市政府要切实把对进城农民工的职业培训、子女教育、劳动保障及其他服务的管理经费，纳入正常的财政预算，已经落实的要完善政策，没有落实的要加快落实。
山东省威海市已全部取消义务教育阶段外来务工人员子女的借读费，做到各项收费与当地学生一视同仁。北京市各级政府主办、分布在农村地区的989所中小学，从2004年秋季入学起，将免收外来务工人员子女在小学和初中的借读费。陕西省也作出了类似的免收外来务工人员子女借读费的决定。江西省决定免费对农民进行职业技能培训。黑龙江省规定，农业生产资料进销差率不得超过3%，以控制农资销售价格的过多上涨。
此外，为了减轻农民负担，全国工商系统对于经营地域在乡村、无固定经营场所、不请帮手不带徒弟、主要从事商业零售和修理服务等经营活动的商贩，除经营国家法律法规明令禁止的行业以及涉及人身健康、公共安全、环境资源保护等行业外，均可免于工商登记即允许其经营，同时免收各项工商行政管理费。对于在集贸市场或地方政府指定区域内销售自产农副产品的农民，也免于工商登记，免收各项工商行政管理费。
2003年9月20日公布的《国务院关于进一步加强农村教育工作的决定》提出，到2007年，争取全国农村义务教育阶段家庭经济困难学生都能享受到“两免一补”（免杂费、免书本费、补助寄宿生生活费），努力做到不让学生因家庭经济困难而失学。要建立健全资助家庭经济困难学生就学制度，保障农村适龄少年儿童接受义务教育的权利。
